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莲是一种古老的被子植物，化石记录的分布表明，在苏格兰侏罗纪的地层中，曾发现莲的花粉化石。
白垩纪晚期和第三纪的古新世，莲在欧亚大陆和北美广泛分布，后来由于冰川的影响和澳洲与亚洲大陆的分离形成目前的亚澳—美洲间断分布（倪学明等，1995）。
在《古植物学》（1965）中记载，莲属的化石发现于北美北极地区和亚洲黑龙江流域的白垩纪及欧洲和东亚（库页岛），以及日本的渐新世至中新世地层中，日本北海道、京都发掘出更新世至全新世（200万年前）的莲化石。
中国柴达木盆地发掘出1000万年前的莲化石。
在《渤海沿岸地区早第三纪孢粉》（1978）一书中记载了中国辽宁省盘山、天津市北大港、山东省垦利、广饶及河北省沧州等地发现两种莲的孢粉化石。
在第三纪热带植物地理区内的中国海南省琼山长昌盆地地层中，发现有莲属植物（NelumboprotospeciosaSaporta）的化石。
在广西壮族自治区宁明海渊大闸煤矿采集到莲属植物的化石（Nelumbosp.）。
在浙江省舟山市普陀山岛的晚更新世湖泊相沉积地层中发现了莲（张明书等，1999）。
在江西省临江镇晚始新世临江组内，也发现了NelumboprotospeciosaSaporta的化石（李浩敏等，2002）。
莲属植物现存2个种，呈亚澳—美洲间断分布。
东半球分布的是莲（N.nucifera Gaertn.），分布区西起里海附近的科拉河畔、伏尔加河下游，经伊朗、印度、中国的塔里木盆地、祁连山、黄土高原、大兴安岭一线的东南，东到日本的本州；北自俄罗斯远东的结雅河、乌苏里以东地区，经中国、中南半岛、印度尼西亚、伊里安，南至澳大利亚东北部DarlingDowns。
大约位于北纬51°至南纬27°30′，东经45°～142°，其中包括伊朗—土兰区、东亚区、苏丹—赞比亚区、印度区、东南亚区、马来西亚区和东北澳大利亚区。
西半球分布的是美洲黄莲（N.luteaPers.）。
其分布区北起加拿大安大略省的南部（北纬50°附近），经五大湖、美国的东南部及密西西比河流域、西印度群岛，南至哥伦比亚和委内瑞拉的Manuas（南纬30°8′），包括大西洋—北美区、加勒比区、圭亚那区、亚马逊区、安第斯区。
根据分布区可以看出，莲属有两个分布中心，东亚区、中南半岛区、印度区和马来西亚区是N.nucifera的分布中心，而大西洋—北美区和加勒比区为N.luteaPers.的分布中心。
中国是莲的起源中心之一，栽培历史悠久，在长期的栽培和驯化过程中，已分化出藕莲、子莲、花莲三大类型。
莲也是中国最古老的作物之一，1973年在浙江省余桃县罗江村发掘新石器时期的“河姆渡文化”遗址中曾发现有莲、菱、蒲等花粉化石，经14C测定，距今已有7000多年；在距今5000多年前的河南仰韶文化遗址中曾出土了炭化莲子。
据古籍文献记载，早在3000多年前已出现有关莲的记载，如《诗经》（公元前6世纪中期）“郑风”与“陈风”篇分别有“山有扶苏，隰有荷华”和“彼泽之陂，有蒲有荷”的颂荷诗句。
1923年和1951年在辽宁省新金县普兰店一带的泥炭层中还曾多次发掘到1000多年以前的古莲子，且仍可发芽生长。
此外，考古发掘还证明，在2000多年前的西汉时期，莲藕已作为蔬菜食用。
唐代以前栽培的莲藕主要为深水藕；南宋典籍记载有利用水田栽培的浅水藕；此后，史料中还不时提到利用水稻田栽培浅水藕的事实。
子莲的栽培历史亦较久远，据同治八年《广昌县志》和福建省《建宁县志》（魏文麟等，2001）记载，二县种植子莲始于南唐梁代，至今已有1000余年历史。
但子莲的大面积种植则始于清代。
花莲的种植主要以观赏为目的，最早大多引种到帝王的园林湖池中，距今也已有2400多年的历史。
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